ตำบลคลองโยงเดิมมีฐานะเป็นสภาตำบล ตามพระราชบัญญัติสภาตำบล และองค์การบริหารส่วนตำบล พ.ศ.2537 วันที่ 2 มีนาคม พ.ศ.2538 สภาตำบลคลองโยง ได้รับการจัดตั้งเป็นองค์การบริหารส่วนตำบลคลองโยง โดยประกาศกระทรวงมหาดไทย ลงวันที่ 2 มีนาคม 2538 เป็นหน่วยการบริหารราชการส่วนท้องถิ่นและมีฐานะเป็นองค์กรนิติบุคคล วันที่ 9 สิงหาคม พ.ศ.2550 องค์การบริหารส่วนตำบลคลองโยงได้รับการจัดตั้งเป็นเทศบาลตำบลคลองโยง โดยประกาศกระทรวงมหาดไทย ลงวันที่ 2 สิงหาคม 2550 และประกาศกระทรวงมหาดไทย ลงวันที่ 21 กุมภาพันธ์ 2568 เรื่อง เปลี่ยนแปลงฐานะเทศบาลตำบลคลองโยง อำเภอพุทธมณฑล จังหวัดนครปฐม เป็นเทศบาลเมืองคลองโยง มีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 28 มีนาคม 2568 เป็นต้นไป

     เทศบาลเมืองคลองโยงได้รับการยกฐานะจากสภาตำบลเป็นองค์การบริหารส่วนตำบล โดยพระราชบัญญัติสภาตำบลและองค์การบริหารส่วนตำบล พ.ศ. 2537 เมื่อวันที่ 2 มีนาคม 2538 และจัดตั้งเป็นเทศบาลตำบลคลองโยง เมื่อวันที่ 9 สิงหาคม 2550 ตามประกาศกระทรวงมหาดไทยเรื่อง การจัดตั้งองค์การบริหารส่วนตำบลคลองโยง เป็นเทศบาลตำบลคลองโยง และประกาศกระทรวงมหาดไทย ลงวันที่ 21 กุมภาพันธ์ 2568 เรื่อง เปลี่ยนแปลงฐานะเทศบาลตำบลคลองโยง อำเภอพุทธมณฑล จังหวัดนครปฐม เป็นเทศบาลเมืองคลองโยง มีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 28 มีนาคม 2568 เป็นต้นไป ซึ่งเทศบาลเมืองคลองโยง ตั้งอยู่ทางทิศเหนือของที่ว่าการอำเภอพุทธมณฑล มีระยะทางห่างจากที่ว่าการอำเภอพุทธมณฑล ประมาณ 12 กิโลเมตร
   ทิศเหนือ เขตติดต่อกับตำบลนราภิรมย์ , ตำบลบางระกำ อำเภอบางเลน
   ทิศใต้ เขตติดต่อกับตำบลศาลายา , ตำบลมหาสวัสดิ์ อำเภอพุทธมณฑล
   ทิศตะวันออก เขตติดต่อกับตำบลหนองเพรางาย อำเภอไทรน้อย , ตำบลบ้านใหม่ อำเภอบางใหญ่
   ทิศตะวันตก เขตติดต่อกับตำบลลานตากฟ้า , ตำบลบางแก้วฟ้า อำเภอนครชัยศรี

     เทศบาลเมืองคลองโยงมีเนื้อที่ประมาณ 31.63 ตารางกิโลเมตร หรือคิดเป็น 19,768 ไร่

     เทศบาลเมืองคลองโยง มีภูมิประเทศเป็นที่ราบลุ่ม มีคลองธรรมชาติ คลองส่งน้ำ ไหลผ่านหลายสาย มีผลทำให้พื้นที่ของเทศบาลเมืองคลองโยงเป็นพื้นที่อุดมสมบูรณ์เหมาะแก่การเพาะปลูก และเกษตรกรรม

โดยทั่วไปจังหวัดนครปฐมมีลักษณะภูมิอากาศ แบ่งออกเป็น 3 ฤดู
   • ฤดูร้อน เริ่มตั้งแต่เดือนกุมภาพันธ์-เดือนเมษายน
   • ฤดูฝน ตั้งแต่เดือนพฤษภาคม-เดือนตุลาคม
   • ฤดูหนาว ตั้งแต่เดือนพฤศจิกายน-เดือนมกราคม

   - ศูนย์พัฒนาเด็กเล็กเทศบาลเมืองคลองโยงศูนย์ 1
   - ศูนย์พัฒนาเด็กเล็กเทศบาลเมืองคลองโยงศูนย์ 2
   - ศูนย์พัฒนาเด็กเล็กเทศบาลเมืองคลองโยงศูนย์ 3 (บ้านคลองสว่างอารมณ์)

   - ศูนย์ฝึกและอบรมเด็กและเยาวชนบ้านสิรินธร
   - ศูนย์ฝึกและอบรมเด็กและเยาวชนชายบ้านมุทิตา
   - ศูนย์ฝึกและอบรมเด็กและเยาวชนชายบ้านอุเบกขา
   - ศูนย์ฝึกและอบรมเด็กและเยาวชนบ้านกาญจนาภิเษก

   - โรงเรียนฟ้าใสวิทยา

   - วิทยาลัยการอาชีพพุทธมณฑล

   - มหาวิทยาลัยราชภัฏสวนสุนันทา วิทยาเขตนครปฐม

- หมู่ที่ 0 คลองโยง	จำนวน 2 หลัง
- หมู่ที่ 1 คลองโยง	จำนวน 789 หลัง
- หมู่ที่ 2 คลองชัยขันธ์	จำนวน 185 หลัง
- หมู่ที่ 3 แหลมหาย	จำนวน 285 หลัง
- หมู่ที่ 4 วัดมะเกลือ	จำนวน 1,035 หลัง
- หมู่ที่ 5 ดอนทอง	จำนวน 1,081 หลัง
- หมู่ที่ 6 คลองโยงใหม่	จำนวน 783 หลัง
- หมู่ที่ 7 คลองซอย	จำนวน 321 หลัง
- หมู่ที่ 8 สหกรณ์	จำนวน 157 หลัง
รวม	4,638 หลัง

     ตำบลคลองโยงเป็นตำบลเก่าแก่มีประวัติความเป็นมาที่ยาวนาน เดิมเป็นตำบลหนึ่งขึ้นอยู่กับ กิ่งอำเภอพุทธมณฑล อำเภอนครชัยศรี จังหวัดนครปฐม ต่อมาในปี พ.ศ.2534 ได้มีพระราชบัญญัติจัดตั้ง กิ่งอำเภอพุทธมณฑล เป็นอำเภอพุทธมณฑล
     “คลองโยง” มีสภาพภูมิประเทศเป็นที่ราบลุ่ม มีลำคลองสายหลักไหลผ่านหลายสาย พื้นดินมีความอุดมสมบูรณ์ประชาชนมักตั้งบ้านเรือนอยู่อาศัยริมสองฝั่งคลองสายหลัก การเดินทางไปมาหาสู่กันในอดีตต้องมักใช้เรือเป็นพาหนะครั้นถึงฤดูแล้งน้ำในลำคลองต่างๆ จึงแห้งลง ลำคลองตื้นเขิน การเดินทางทางน้ำจึงยากลำบากยิ่งขึ้น ประชาชนตลอดจนพ่อค้าวานิชต่างๆ จึงได้รับความเดือดร้อนตามไปด้วย เรือลำเล็กๆ ที่บรรทุกสิ่งของไม่มากจะผ่านลำคลองที่ตื้นเขินไปได้แต่เรือลำใหญ่ๆ ที่บรรทุกสินค้ามากๆ ของพ่อค้าต่างๆ มักจะผ่านไปไม่ได้ต้องใช้กระบือ หรือควายช่วยลากจูงเรือที่ไม่สามารถแล่นผ่านไปได้ ชาวบ้าน และพ่อค้าวานิชตางๆ จึงเรียกกันติดปากต่อๆ มาว่า “คลองโยง” จนถึงปัจจุบัน